第二局PK開始，爭端依然是航企對於歐盟碳稅繳納與否。

2月6日，民航局發布國務院授權公告，稱民航局於近日向各航空公司發出指令，未經政府有關部門批準，禁止中國境內各運輸航空公司參與歐盟排放交易體系。

歐盟隨即進行回復。英國《金融時報》稱，歐盟回應稱，仍然決心將所有在其27個成員國境內起降的航線納入碳排放交易計劃。并引用歐盟氣候專員康妮·赫澤高（Connie Hedegaard）的話“我們不會退縮。中國的航空公司會遵守我們的法律。”并表示，歐盟“對此有信心”。

中國航協副秘書長柴海波則認為歐盟的這個回復很不客觀。“我們國內航企當然首先遵守國內的政令。國務院委托民航局表達的立場再清晰不過。中國政府和國內航空界的原則立場絕對不會因為歐盟的回應就有所動搖。”

從今年1月1日起，歐盟開始正式對飛臨歐洲的各國航班計算碳排放費。全球4000多家航空公司的國際航班只要是降落在歐盟區域內，都必須為碳排放付費。

在1月5日，中、歐雙方已經有過一輪過招。

歐盟氣候行動發言人艾塞克·法萊羅-拉德隆當天表示，作為最後一項措施，那些長期拒繳航空“碳稅”的航空公司可能會面臨被禁止使用歐洲機場的懲罰。并且不繳稅的航空公司將面臨每噸碳排放100歐元（約合130美元）的罰款。他說：“我們有信心航空公司會遵守規定，因為違規的代價會更高。”

中國航協則發表了呼吁中國航企堅持“三不策略”：即不參加歐盟碳排放交易體系，不向歐盟相關國家提供有多少航班等有關征收碳稅的相關數據，不與歐盟談判優惠條件。

國際航協飛行環境總監 Paul Steele接受采訪時表示，非歐盟國家曾多次強烈表示他們作為主權國家的利益遭到歐盟的侵害和歧視。這一事實將不會因為時間流逝而發生改變。所有跡象表明，歐盟在2012/2013強行執行對非歐盟航空公司征稅時，外交矛盾將會全面爆發。

歸屬於香港民航處管轄的國泰航空表示，雖然配合歐盟關於碳排放征費的要求，但對此政策表示強烈反對。反對歐盟向外國航空公司就碳排放征費。

一位國內航空界人士則表示，如果征收碳稅，從國內出發，飛機滿客飛歐洲每個客人單程將多付300元左右。